Anatomiquement simples, le septum interatrial (SIA) et le septum interventriculaire (SIV) possèdent des origines embryologiques complexes. Les apports récents de la biologie moléculaire ont permis une meilleure compréhension de leur formation. Dès la constitution du tube cardiaque, plusieurs aires cardiogéniques vont fournir les contingents cellulaires nécessaires. L’élongation et la ballonnisation du tube cardiaque, puis son inflexion, vont esquisser les sillons séparant les chambres cardiaques, en regard des futurs septums. Au pôle veineux du cœur, le réseau veineux embryonnaire va partiellement involuer et participer à la formation du SIA par accolement des valves veineuses. Au niveau atrial, le septum primum croît en direction du canal atrioventriculaire. Il fusionne à sa partie caudale avec les bourrelets atrioventriculaires cloisonnant le canal atrioventriculaire, tandis que sa partie crâniale se fenestre, créant l’ostium secundum. Un repli, le septum secundum, apparaît ensuite sur la paroi libre de l’atrium primitif et recouvre l’ostium secundum comme un clapet en laissant persister une communication par le foramen ovale, qui s’oblitérera à la naissance. Le SIV possède trois origines embryologiques principales. Le septum primum interventriculaire, apparu durant la ballonnisation, est formé de cellules du tube cardiaque. Il donnera le septum trabéculaire et le septum d’entrée. L’anneau interventriculaire, entourant le foramen interventriculaire, participe au septum d’entrée et forme les voies de conduction atrioventriculaires. Les bourrelets aorticopulmonaires vont cliver les voies d’éjection en aorte et artère pulmonaire, et croître pour donner le septum de sortie. Après avoir fusionné avec les bourrelets atrioventriculaires, ils vont aussi participer au septum membraneux.

Although anatomically simple structures, the atrial septum and the ventricular septum have complex embryological origins. Recent findings in molecular biology allowed better comprehension of their formation. As soon as the heart tube is formed, cells migrate from several cardiogenic fields to take part in the septation. Elongation, ballooning, and later inflexion of the heart tube create chamber separating grooves, facing the future septa. The systemic venous tributaries conflate at the venous pole of the heart; it will partially involute while contributing to the atrial septum. The primary atrial septum grows from the atrial roof towards the atrioventricular canal. It fuses there with the atrioventricular cushions, while its upper margin breaks down to form the ostium secundum. Then a deep fold develops from the atrial roof and partly covers the ostium secundum, leaving a flap-like interatrial communication through the oval foramen. It will close at birth. The interventricular septum has three embryological origins. The ventricular septum primum, created during the ballooning process, origins from the primary heart tube. It will form the trabecular septum and the inlet septum. The interventricular ring, surrounding the interventricular foramen, will participate in the inlet septum and also form the atrioventricular conduction axis. The outflow cushions will separate the outflow tract in the aorta and pulmonary artery, and grow to create the outlet septum. After merging with the atrioventricular cushions, they will also be part of the membranous septum.